本发明提供一种磁密封式玻璃化组织冷冻保存管,属于玻璃化组织保存技术领域,包括管体以及与管体可拆卸连接的盖体;管体内设有永磁体;盖体上设有中空腔体,中空腔体的一端封闭,另一端为喇叭状开口;中空腔体内放置有可与永磁体间产生吸力的球体;球体在永磁体的吸力作用下将喇叭状开口堵住,使中空腔体与管体不连通;当球体克服吸力离开喇叭状开口,中空腔体与管体连通,中空腔体上设有与外界相通的泄压孔。本发明利用磁性吸引控制为玻璃化组织提供安全而稳定的密闭空间,保证管内组织与液氮在低温环境下的密封的同时,又可保证管内汽化氮的及时释放,实现了管内样本与外界环境的有效隔离,避免了管内气压升高造成的样本保存安全事故的发生。