本发明公开的基于轨迹预测的公路合流区冲突预警方法及系统,包括:当匝道和主路中均存在车辆时,获取匝道和主路中各车辆的运动轨迹数据;根据各车辆的运动轨迹数据对车辆进入合流区后的轨迹进行预测,获得各车辆进入合流区后的轨迹预测数据;根据各车辆的轨迹预测数据,判定两车是否经过合流区的同一截面;当判定两车经过同一截面时,判断两车是否存在交通冲突,其中,当两车的交通冲突指标大于设定的指标阈值时,判定两车存在交通冲突,两车的交通冲突指标为两车中较早到达同一截面车辆到达同一截面时两车的速度差除以两车到达同一截面的时间差。实现了对交通冲突的准确预测,并能根据预测结果给出相应的驾驶建议,保证合流区的安全。