本发明公开了一种基于条件生成对抗网络的心电信号降噪优化方法及系统,包括:获取心电信号,将心电信号按照样本长度T进行分割,对分割后的数据片段进行最大最小值归一化处理;将处理后的数据片段输入至训练好的心电信号降噪模型中,得到降噪后的心电信号;其中,心电信号降噪模型基于深度神经网络和条件生成对抗网络构建;通过计算模型的降噪性能与计算复杂度比率指标,在保证模型降噪性能的前提下,根据相应建模参量与该指标的拟合函数曲线,确定样本长度、编码器和解码器的神经网络层数等建模参量的最优值,以使得降噪模型的降噪性能和计算开销达到最优。本发明提出降噪性能与计算复杂度比率指标,可获得性价比更优的降噪系统。