本公开提供了一种基于不完整多组学数据的癌症诊断系统,其属于人工智能数据挖掘分类以及生物信息学技术领域,包括:数据获取模块,其被配置为:获取同一患者全部可用待诊断组学数据;组学数据特征提取模块,其被配置为:对获得的不同组学数据分别进行特征提取;缺失组学数据生成模块,其被配置为:根据患者对应的组学数据,基于生成对抗策略生成患者的缺失组学数据,并进行特征提取;多组学特征融合与诊断模块,其被配置为:将提取到的患者的组学数据特征以及生成的组学数据特征进行融合,将融合特征输入到预先训练的诊断网络模型中,获得诊断结果。