本发明提供了一种基于组织特异性的玉米可变剪接异构体功能预测系统,通过对isoform在各个组织上的表达数据进行处理,构造多个组织的isoform共表达网络,并通过自适应权重来将各个组织的isoform共表达网络进行整合,可以得到高质量的isoform组织特异性关联网络;通过利用isoform序列数据构造isoform序列相似度网络,并将其与isoform组织特异性关联网络进行融合,可以得到更好的isoform功能关联网络;通过非负矩阵分解进行多示例学习,同时使用isoform功能关联网络来指导非负矩阵分解,从而实现了isoform的更精准和更全面功能预测。