本发明属于ADC噪声抑制领域,特别涉及一种基于伪随机序列的自适应噪声抑制方法及系统,将低抖动时钟信号生成三个m序列,分别为第一m序列、第二m序列以及第三m序列;将所述低抖动时钟信号二分频后与第一m序列进行异或运算,得到逆重复m序列;将第二m序列与第三m序列进行模2加运算,得到Gold伪随机序列;将逆重复m序列与Gold序列相加取模得到Dither抖动伪随机序列;根据比较器实时检测的输入信号强度,自适应的调整Dither伪随机序列的强度;可以有效打破输入信号和采样时钟的相互关系,使得输入信号幅值随机化,从而显著提高ADC的分辨率、SNR和SFDR等性能指标,进而同步提升便携式近地表FDEM观测系统内部的数据质量以及整体噪声抑制能力。