本发明公开了一种考虑交通干预的传染病跨区域传播预测方法及系统;获取地理单元及主要参数;基于地理单元级别及主要参数,构建传染病模拟背景,确定对应的异地转移概率矩阵;根据异地转移概率矩阵,构建传染病动力学模型;根据传染病动力学模型,确定指定时空下各地区不同仓室人员数目,模拟和可视化各地区传染病动态;根据各地区不同仓室人员数目,确定和可视化病毒实时传播力及其置信区间;根据各地区仓室人口变化数据和病毒实时传播力,预测并可视化各地区未来传染病趋势。本发明集传染病传播模拟、病毒实时传播力计算、传染病流行趋势预测、交通防控干预措施为一体,在传染病发生早期为各地疾控部门进行传染病预测和防控提供有效的帮助。