本发明公开了一种用于强化光合细菌产氢的纳米硒生物制剂及其应用,所述纳米硒生物制剂是由大肠杆菌MG1655和亚硒酸钠通过生物法制得的纳米硒SeNPs,或者由纳米硒SeNPs经过壳聚糖或维生素E改性的改性纳米硒Ch SeNPs或改性纳米硒Ve SeNPs。在光合细菌生长情况下,SeNPs的应用浓度小于等于0.1mg/L,Ch SeNPs的应用浓度小于等于0.5mg/L,Ve SeNPs的应用浓度小于等于0.25mg/L。在光合细菌非生长情况下,Ve SeNPs的应用浓度为0.1mg/L。本发明所公开的纳米硒生物制剂在生物制氢方面具有高效的促进作用,而且不会对环境造成二次污染。