本发明属于高分子材料技术领域,具体涉及一种药品包装用柔性复合薄膜及其制备方法和应用。本发明提供了一种柔性薄膜,柔性薄膜为酸酐改性的乙烯丙烯酸酯树脂层、PETG与PTT的混合树脂层和二氧化硅改性的PETG树脂层组成的三层结构。本发明进一步提供了一种具有柔性薄膜/铝箔/柔性薄膜结构的柔性复合薄膜,具有200%以上的高延伸率,具有与PA薄膜/高分子粘合树脂/铝箔/高分子粘合树脂/PVC薄膜相同的阻隔效果,可实现原有结构类似的常温深度冲压成型;另一方面,与现有技术相比本发明有利于后续的回收体系,且该柔性薄膜与铝箔采用了新型的热复合工艺,无需高分子树脂,质量稳定性高,并大大降低了成本,具有良好的经济效益。