本发明涉及一种分析蛋白O-糖基化位点的方法,步骤如下:(1)将蛋白质组样品或单个蛋白样品经内切酶酶切后,再经内切糖苷酶和外切糖苷酶酶切,制得带有GalNAc糖标签的肽段和非糖肽的组学蛋白样品或单个蛋白样品;(2)上样于榴莲凝集素色谱柱进行分离,制得组学蛋白样品;(3)将单个蛋白样品或组学蛋白样品使用C18反相色谱柱分离,然后在正离子模式下用高分辨质谱仪进行检测,得到高分辨质谱图;(4)将得到的质谱数据进行处理,通过搜库结果获得蛋白糖基化位点信息。本发明建立了单个蛋白和组学蛋白样品中糖蛋白的O-糖基化位点的检测方法,能更快速、更准确、更全面的得到位点信息。