本发明公开了基于收发信号频域互相关的外部噪声抑制方法及系统,便携式近地表频率域电磁法观测仪器的发射线圈向浅地层发射探测信号;接收线圈接收二次场信号,并对二次场信号与发射信号进行频域互相关操作,进而得到接收信号频域互相关结果;参考线圈接收一次场信号,并对一次场信号与发射信号进行频域互相关操作,进而得到参考信号频域互相关结果;基于接收信号频域互相关结果和参考信号频域互相关结果,得到便携式近地表频率域电磁法观测仪器进行存储与显示所需的基本数据源。通过对发射信号和接收信号进行频域互相关运算,提高两个信号之间相关部分的功率,消除两个信号之间的不相关部分,增强其抗干扰能力,有效提升异常目标探测能力。